Dalam rangka meningkatkan layanan pendidikan dan kesehatan ,Yayasan PTKDW memandang perlu mengembangkan fasilitas kampus di luar lokasi kampus utama saat ini, karena dinilai tidak memungkinkan lagi untuk dikembangkan. Yayasan telah merintis pengadaan lahan untuk kompleks Kampus II dan fasilitas pendukung lainnya, termasuk gedung RS Akademik yang menjadi prasyarat sekaligus penunjang pendidikan Fakultas Kedokteran. Sesuai rekomendasi Kementerian Ristek Dikti SN Dikti, standar luasan yang diperlukan untuk area kampus baru adalah minimal 10 hektar. Lokasi lahan yang dipersiapkan berada di Desa Argorejo, Kecamatan Sedayu, Kabupaten Bantul, DIY.

Konsep Masterplan Kampus II dan RS Akademik UKDW menekankan pada konsep Kampus Ramah Lingkungan (Green Campus). Secara umum, hasil kajian studi kelayakan yang dilakukan pada seluruh aspek menunjukkan indikasi kelayakan untuk rencana pembangunan RS Akademik UKDW berkapasitas 281 TT. Dengan mempertimbangkan besaran dan kapasitas RS Akademik yang akan dibangun, dirancang skema pembangunan RS bertahap dari RS Kelas D menjadi RS Kelas C dan berkembang lagi menjadi RS Kelas B Pendidikan. Selain itu, rencana penyediaan layanan unggulan bertahap juga menjadi salah satu kunci untuk meningkatkan market share RS Akademik UKDW dalam bersaing dengan rumah sakit-rumah sakit lain yang ada di sekitarnya. Orientasi perencanaan bangunan RS Akademik UKDW direkomendasikan cenderung vertikal, untuk meminimalisir persentase penggunaan lahan yang ada, sehingga masih terdapat cukup banyak sisa lahan yang dapat dimanfaatkan untuk perencanaan gedung kampus lainnya, seperti: gedung kelas, perpustakaan, gelanggang olahraga, auditorium, laboratorium, asrama, dan berbagai fasilitas pendukung lainnya.